Los vestigios más antiguos que se conocen de Copán datan de aproximadamente el año 1400 antes de Cristo y son los restos de una vivienda con esquinas redondeadas. En esta humilde construcción han sido encontrados algunos artefactos y utensilios que revelan relaciones diversas con otras áreas al Sur y el Oeste, aunque no con las tierras mayas del Norte.
Estos indicios arqueológicos, junto con otros, han dado lugar a una discusión acerca de la afiliación étnica y cultural de los moradores originales del Valle de Copán, pues es posible que sus primeros habitantes no hayan sido mayas, si bien convivieron con estos.
Sí se conoce en cambio que mantenían intercambio de bienes con las sociedades del centro de Honduras y de la parte baja de Centroamérica, y ese contacto entre diferentes grupos humanos debe haber servido para estimular el desarrollo cultural de Copán.
Del llamado período Preclásico Medio (años 900-300 a. C.) los vestigios hallados son más cuantiosos y sofisticados. El arqueólogo William Fash encontró, en 1991, depósitos extensos consistentes en plataformas de construcción para múltiples viviendas con muros de piedras.
Dentro de ellas había numerosos y sofisticados entierros que implicaban un desarrollo cultural más complejo que el de la etapa anterior. Las vasijas de cerámica que acompañaban a estos entierros indican que Copán tenía vínculos con la cultura Olmeca, que para entonces florecía en el Sur de México. <
Al final del Preclásico (300 a. C.-100 d. C), cuando el área maya tiene su primer gran auge cultural, Copán parece quedarse atrás en la historia, pues los restos arqueológicos de esa época son escasos.
Las causas de este fenómeno son tema de amplia discusión pero muchos piensan que se trata principalmente de un problema de muestreo: puede ocurrir que los sitios de esta época estén en un lugar diferente o que hayan sido destruidos por fenómenos naturales, por ejemplo la erosión del río.
En todo caso, el Preclásico de Copán es un misterio cautivador para los arqueólogos. En él están plasmados los orígenes de esta maravillosa ciudad de la periferia sureste del mundo maya e incluso, con lo poco que sabemos, hay claras huellas de la existencia de un puesto fronterizo, con objetos de intercambio, que revela rutas comerciales hacia sitios muy distantes así como los pininos de una sociedad destinada para la grandeza.
Más adelante (en el Protoclásico), los objetos portátiles (vasijas, ollas, otros), particularmente de cerámica, muestran que Copán continuó sus contactos hacia el Sur y el Este, así como un fuerte tráfico con los mayas de las tierras altas de Guatemala, al Oeste.
En cuanto a la arquitectura, aparecen numerosas construcciones que luego serán reconocidas como el núcleo urbano de la ciudad: las zonas de las Sepulturas, el Grupo Principal, el Bosque y el pueblo moderno. En ese tiempo las edificaciones se hacen más numerosas y aparecen las primeras con piedra de cantera, revestimientos de estuco y tamaños monumentales. Copán va creciendo y se empieza a sentir el fervor del esplendor clásico.
Lo que llamamos Período Clásico arranca cerca del año 400 después de Cristo, y los vestigios hallados marcan una entrega a la imponente tradición maya que surge con vigor al oriente de Copán. Es posible que estos lleguen con el primer gobernador dinástico del sitio, K'inich Yax K'uk' Mo'.
